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想知道一片(pian)水域里有多少鱼,不用撒网捕(bu)捞,只需取一瓢水就能算(suan)出……上海海洋大学环境DNA技术(shu)与水生态健康评(ping)估工程中心李晨虹团队在国际知名期刊《分子生态资源》(Molecular Ecology and Resources)上发表了(le)题为 “Estimation of SpeciesAbundance Based on the Number of Segregating Sites Using Environmental DNA (eDNA)” 的封面文章,为环境DNA(eDNA)定量技术(shu)的应用提供了(le)新思路,未来或可让生态监测像“查指纹”一样高效。
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“凡是生物存在过(guo)的地(di)方就会留下它们的痕迹。同样,鱼游过(guo)也会在水中留下DNA‘痕迹’。”李晨虹教授介绍,eDNA是指生物体释放至体外环境(包括水体、土壤、空(kong)气等)中的DNA片(pian)段。其来源广泛,一方面源于生物皮肤、鳞片(pian)受损导致的细胞脱落,另一方面则来自生物在呼吸、排泄、繁殖等正常生理活动中释放的DNA。
借助eDNA进行生物监测,是一种高效、灵敏且对生物无损伤的技术(shu)手段,在生物多样性评(ping)估、濒危物种保护以及入侵(qin)生物监测等领(ling)域展现出了(le)巨(ju)大的应用潜力。
以往eDNA技术(shu)一直有个“痛点”:它能判(pan)断“有没(mei)有鱼”,却(que)很难说清楚(chu)“有多少鱼”,诸多因素会影响eDNA 浓度,难以获(huo)得准确可靠的定量结果。
为此,李晨虹教授带领(ling)团队另辟(pi)蹊径。“我们可以从基因序(xu)列差异的角度来探讨eDNA与物种数量之间的关系。”李晨虹进一步(bu)说明,假(jia)设(she)环境中仅存在一个个体,无论其释放的DNA浓度高低,其DNA序(xu)列都是固定的。当存在两个个体时,它们的DNA序(xu)列会出现一定程度的差异;若存在三个个体,序(xu)列差异则会进一步(bu)增大。“这就好比一家(jia)人的指纹各不相(xiang)同,若在某地(di)检测到10种不同指纹,就能推测至少有10个人来过(guo)。”
团队开发的基于分离位点数的eDNA定量方法,其优势在于不受物种体型、摄食(shi)行为等环境变量的干扰,能够更加稳定、精(jing)准地(di)评(ping)估目(mu)标物种的数量。李晨虹说,“无论鱼在吃饭、休息,都不影响差异点数量,这就可以让生态监测更高效。”
研究的发现为eDNA技术(shu)的定量分析(xi)提供了(le)一种新的思路,有望(wang)提升eDNA在物种监测、生态评(ping)估及生物多样性研究中的应用精(jing)度。未来研究可进一步(bu)拓展至更广泛的生境和(he)目(mu)标物种,以验证该(gai)方法的适用性,并优化其在实(shi)际生态监测中的应用策略(lue)。
来源:上海杨浦