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想知道(dao)一片水域里有多少鱼,不(bu)用(yong)撒网捕捞,只需取一瓢水就能算出……上(shang)海海洋大学环境DNA技术与水生态健康评估(gu)工程中心李晨虹团(tuan)队在国际知名期刊《分子生态资源》(Molecular Ecology and Resources)上(shang)发表了题为 “Estimation of SpeciesAbundance Based on the Number of Segregating Sites Using Environmental DNA (eDNA)” 的(de)封(feng)面文章,为环境DNA(eDNA)定(ding)量技术的(de)应用(yong)提供(gong)了新思路,未(wei)来或可让生态监测像(xiang)“查(cha)指纹”一样高效。
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“凡是生物存(cun)在过的(de)地方就会留下它们的(de)痕迹。同(tong)样,鱼游过也(ye)会在水中留下DNA‘痕迹’。”李晨虹教(jiao)授(shou)介绍,eDNA是指生物体释放至体外环境(包括水体、土(tu)壤、空气等)中的(de)DNA片段。其来源广泛,一方面源于生物皮(pi)肤、鳞片受损导致的(de)细胞脱落,另一方面则来自生物在呼吸、排泄、繁殖等正常生理活动中释放的(de)DNA。
借助eDNA进行生物监测,是一种高效、灵敏且对生物无损伤的(de)技术手段,在生物多样性评估(gu)、濒危物种保护以及入侵生物监测等领域展现出了巨大的(de)应用(yong)潜力。
以往eDNA技术一直有个“痛点”:它能判断“有没有鱼”,却很难说清楚“有多少鱼”,诸(zhu)多因素(su)会影响(xiang)eDNA 浓(nong)度(du),难以获得准确可靠(kao)的(de)定(ding)量结(jie)果。
为此,李晨虹教(jiao)授(shou)带领团(tuan)队另辟蹊(qi)径。“我们可以从基因序列差异的(de)角度(du)来探讨(tao)eDNA与物种数量之间的(de)关(guan)系。”李晨虹进一步说明,假设环境中仅存(cun)在一个个体,无论其释放的(de)DNA浓(nong)度(du)高低,其DNA序列都是固(gu)定(ding)的(de)。当存(cun)在两个个体时,它们的(de)DNA序列会出现一定(ding)程度(du)的(de)差异;若存(cun)在三个个体,序列差异则会进一步增大。“这就好比一家人的(de)指纹各不(bu)相同(tong),若在某地检测到10种不(bu)同(tong)指纹,就能推测至少有10个人来过。”
团(tuan)队开发的(de)基于分离位(wei)点数的(de)eDNA定(ding)量方法,其优势(shi)在于不(bu)受物种体型、摄食行为等环境变量的(de)干扰,能够更加稳定(ding)、精(jing)准地评估(gu)目标(biao)物种的(de)数量。李晨虹说,“无论鱼在吃(chi)饭、休息,都不(bu)影响(xiang)差异点数量,这就可以让生态监测更高效。”
研究的(de)发现为eDNA技术的(de)定(ding)量分析提供(gong)了一种新的(de)思路,有望(wang)提升(sheng)eDNA在物种监测、生态评估(gu)及生物多样性研究中的(de)应用(yong)精(jing)度(du)。未(wei)来研究可进一步拓展至更广泛的(de)生境和(he)目标(biao)物种,以验(yan)证该方法的(de)适用(yong)性,并优化其在实际生态监测中的(de)应用(yong)策(ce)略。
来源:上(shang)海杨浦