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参考消息网2月12日报道(dao)据美(mei)国《大众科学》杂志网站(zhan)1月15日报道(dao),科学家利用人工智能(AI)创(chuang)造出全(quan)新的抗(kang)蛇毒蛋白质。
报道(dao)称,据世界卫(wei)生组织估计,每(mei)年(nian)有超过10万人被蛇咬伤致死(si),还有数十万人永久致残。借助尖端(duan)技术实现的前沿科学有望帮助减轻这一威胁。
根据一项1月15日发表在《自然》杂志上的研究,研究人员利用一套人工智能工具(ju),成功设计出两种蛋白质以中和一些最致命的蛇毒毒素。在实验室实验中,将这些“全(quan)新的”蛋白质(自然界中不存在的分子)与致命的蛇毒化合物混合后注射,能避免100%的实验小鼠死(si)亡。
该研究论文的主要作者苏珊娜(na)·巴斯克斯·托雷斯说:“我认为,我们可以彻底改变(蛇咬伤的)治疗方(fang)法。”巴斯克斯·托雷斯是一名生物化学家,她在华盛(sheng)顿(dun)大学戴维·贝克实验室攻读博(bo)士学位期间完成了这项研究。贝克因创(chuang)造新蛋白质而荣获(huo)2024年(nian)诺贝尔(er)化学奖。本(ben)周发表的这项研究是该研究方(fang)向(xiang)的延(yan)续。巴斯克斯·托雷斯告诉《大众科学》杂志:“当然,这项研究并没有完全(quan)解决问题,但它表明,与传统方(fang)法相比,我们能超快速地(di)合成分子,而且这种方(fang)法有效。”她还说,这一策(ce)略有望带来比现有的更便宜、更安全(quan)且更有效的治疗方(fang)案。
斯克里普斯研究所(suo)的免疫学与微生物学助理教授约瑟夫·贾丁说:“这是了不起的研究成果。”贾丁未参与这项新研究,但此前曾发表针对同类化合物合成抗(kang)蛇毒血清的研究。他表示,这项新研究既展示了近年(nian)来在人工智能迅速发展的推动(dong)下,蛋白质设计取得了多(duo)大的进展,同时也是医(yi)学领(ling)域一项令人振奋(fen)的实际进步。
尽管蛇咬伤造成了严重后果,但一个多(duo)世纪以来,蛇咬伤的治疗方(fang)法一直未变,仍然是从接种了亚致死(si)量(liang)蛇毒的马(ma)或其他动(dong)物身上采集(ji)抗(kang)体。这些抗(kang)蛇毒血清能挽救(jiu)生命,但也存在一些严重缺陷。
其一,它们价格昂贵且制作困难(nan),因为生产过程需要饲养大量(liang)动(dong)物。其二(er),质量(liang)参差(cha)不齐,由(you)于依赖不完美(mei)的免疫系统,产生的效果也不稳定,而且抗(kang)蛇毒血清对某些毒素的效果往往优于对其他毒素,因此只能部分中和蛇毒这种复杂混合物中最小的成分,对某些蛇类咬伤的治疗效果不佳。它们还可能在接受(shou)者身上引发过敏反应及其他不良副作用。而且,由(you)于传统抗(kang)蛇毒血清是生物制品,对温度非(fei)常敏感,储存和运输都需要冷藏,导致成本(ben)更高,也更难(nan)获(huo)得。在蛇咬伤尤为常见的南半球发展中国家的农村地(di)区,这种治疗方(fang)法尤其难(nan)以获(huo)得。
相比之下,新设计的蛋白质能在更大的温度范围(wei)内保持稳定,有望利用酵(jiao)母等微生物进行大规(gui)模(mo)生产,引发的副作用可能更少,而且更容易进行微调并保持性能稳定。贾丁解释说:“这些全(quan)新设计的小蛋白质具(ju)有许多(duo)十分有趣的优势,包括热(re)稳定性、制造成本(ben)较低,能以抗(kang)体可能无法实现的方(fang)式靶向(xiang)特定物质。”他还提出,有朝一日,这类产品也许能通过类似(si)“肾上腺素笔”的装置(zhi)来给(gei)药,在最需要的地(di)方(fang)随(sui)时可用。
蛇毒由(you)多(duo)种不同毒素混合而成。巴斯克斯·托雷斯及其同事将研究工作聚焦于三指毒素(3FTx),传统抗(kang)蛇毒血清往往难(nan)以有效对抗(kang)这类致命化合物。三指毒素在眼镜蛇科蛇类的毒液中尤为显著(zhu),该科蛇类包括眼镜蛇、曼巴蛇和珊瑚(hu)蛇。这些毒素(本(ben)身就是蛋白质)会在哺乳动(dong)物体内大肆破坏(huai)。有些是导致瘫痪的神经毒素,另一些则会破坏(huai)细胞、损伤组织。
科学家试图找出能对抗(kang)三种典型目(mu)标毒素的解毒蛋白质:一种短链α神经毒素、一种长链α神经毒素,以及一种细胞毒素。这三种典型毒素都已得到充分研究,所(suo)以科学家从一开(kai)始就知道(dao)它们的复杂结(jie)构。基于此,他们能确定要使每(mei)种毒素失(shi)去活性所(suo)需阻断的关键结(jie)合位点。他们将这些信息输入第一个名为“罗塞(sai)塔折叠扩(kuo)散(san)”的人工智能工具(ju)中,这是一种类似(si)于达(da)尔(er)-E和米德(de)朱尼实验室等推出的图像生成器模(mo)型,但它经过专门训(xun)练,能根据设定的标准输出蛋白质结(jie)构的模(mo)拟图。在这个案例(li)中,设定的标准就是毒素结(jie)构以及研究人员希望阻断的选定结(jie)合“热(re)点”。人工智能提供了数十种中和蛋白质的建议(yi)(以蛋白质构型的详细图像形式呈现),这些蛋白质可能填充那(na)些结(jie)合位点,就像为神秘的锁配制钥匙。
为了更深(shen)入了解这些理论上的蛋白质并解析其构成,巴斯克斯·托雷斯、贝克及其他论文作者采用了第二(er)种生成式人工智能模(mo)型——ProteinMPNN。该模(mo)型经过训(xun)练,能生成可行的氨基酸组合,这些氨基酸可以折叠在一起,复制扩(kuo)散(san)模(mo)型的输出结(jie)果。蛋白质折叠过程极(ji)为复杂,通常仅从氨基酸序列很难(nan)预测,反之,要知道(dao)哪(na)种氨基酸序列会形成何种折叠形状也颇具(ju)挑战(zhan)。ProteinMPNN加快了这一计算过程。接下来,研究人员使用了第三种预测性人工智能工具(ju)“阿尔(er)法折叠2”,独立预测每(mei)一种氨基酸序列实际会如何折叠,以此对前两个模(mo)型的工作进行双重验证。在每(mei)一步之间,研究人员凭借自身专业(ye)视角(jiao),筛(shai)除不理想的结(jie)果,将候选范围(wei)缩(suo)小至最佳选项。
研究人员将最有潜力的氨基酸链反向(xiang)翻(fan)译为DNA序列,然后利用经过改造的细菌大量(liang)生产这些蛋白质。他们在培养皿(min)中用人的肌(ji)肉和皮肤细胞对最有希望的候选蛋白质进行了一系列实验,发现这些蛋白质对所(suo)有三种重点研究的毒素均有效。这进一步缩(suo)小了范围(wei),每(mei)个类别只剩下一个最有竞争力的候选者。科学家在一系列小鼠实验中对这些候选者逐一进行了测试。
在最初的测试中,他们的抗(kang)细胞毒素候选蛋白质并未减轻与蛇毒中毒相关的皮肤损伤,因此研究人员停止了对它的测试。但另外两种候选蛋白质被证明效果要好得多(duo)。当与目(mu)标毒素直接混合并注射到小鼠体内时,两种抗(kang)神经毒素蛋白质都避免了所(suo)有小鼠死(si)亡(如果不添加这些保护蛋白质,100%的小鼠会死(si)亡)。
为了模(mo)拟治疗蛇咬伤的过程,科学家接着测试了先给(gei)小鼠注射一种毒素,之后再注射候选蛋白质的情况。其中一种蛋白质拯救(jiu)了接受(shou)注射的所(suo)有小鼠,即使在注射毒素30分钟后给(gei)药依然有效。另一种蛋白质在毒素注射15分钟后给(gei)药,能使80%的小鼠存活,30分钟后给(gei)药,存活率为60%。
巴斯克斯·托雷斯说:“看到这些蛋白质直接在动(dong)物身上发挥作用,太令人震惊了。我们甚至无需进行任何优化。”她说:“第一次尝试就找到有效的东西,这太不可思议(yi)了。”此外,得益(yi)于人工智能的计算助力,这项研究从提出想法到提交发表数据,仅仅用了大约一年(nian)。“我觉得这对任何科学论文而言,都是创(chuang)纪录的速度。”她说,这充分展示了机器学习能在多(duo)大程度上加速研究进程。
这些研究成果只是近期抗(kang)蛇毒血清研究一系列新进展(比如贾丁的合成抗(kang)体,以及重新利用的药物)中的最新成果。2017年(nian),世界卫(wei)生组织将蛇咬伤列为“被忽(hu)视热(re)带疾病(bing)”并将其作为重点,呼吁加大投资并提升公共卫(wei)生关注度。此后,相关研究源(yuan)源(yuan)不断。贾丁说:“这为我们解决问题又增加了一种工具(ju)。(这些蛋白质)将具(ju)有抗(kang)体不具(ju)备(bei)的独特应用,反之亦然。”
然而,在全(quan)新设计的蛋白质获(huo)批用于人体之前,还有很长的路要走。虽然小鼠实验没有显示出任何明显的副作用,但这些蛋白质在人体内的作用方(fang)式以及它们是否真的安全(quan),仍不得而知。巴斯克斯·托雷斯和贾丁都指出,它们是全(quan)新的分子,需要针对脱靶反应和不良反应进行广泛的筛(shai)选与测试。巴斯克斯·托雷斯说:“我们需要证明这些分子是安全(quan)的。我们必须真正(zheng)了解它们的作用机制。”任何一种经设计的蛋白质抗(kang)蛇毒血清要进入市场,都还需要很多(duo)很多(duo)年(nian)。
即使真的进入市场,巴斯克斯·托雷斯及其同事发现的这些蛋白质也还不够。它们只能应对特定蛇毒中的两种特定毒素。巴斯克斯·托雷斯说,可能需要将大约十种精心设计的蛋白质混合在一起,才能中和全(quan)部蛇毒。在寻找广谱或通用抗(kang)蛇毒血清的道(dao)路上,科学家仍在探索。
尽管如此,利用微生物按需大量(liang)生产自然界中原(yuan)本(ben)不存在的全(quan)新蛋白质,这一前景让科学家兴(xing)奋(fen)不已。而且这种兴(xing)奋(fen)并不局限于抗(kang)蛇毒血清领(ling)域。有朝一日,全(quan)新设计的蛋白质或许能为各类疾病(bing)带来替代性疗法。这些氨基酸构成的物质介于生物药(从生物体中制造或提取)与阿司匹林这类小分子化学合成药之间。贾丁说:“你可以想象,这能解决大量(liang)用传统方(fang)法无法解决的问题。这是一种全(quan)新的策(ce)略,而我们才刚刚触及皮毛。”(编译/刘白云)
2016年(nian)5月17日,在泰(tai)国曼谷梭瓦帕王后纪念研究所(suo)内设的蛇类博(bo)物馆,一名工作人员为参观者演示取蛇毒。(新华社)