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想知(zhi)道一片水域里有多少(shao)鱼,不用撒网(wang)捕捞,只需取一瓢水就能算出……上海海洋大学环境DNA技术与(yu)水生态健康评估工(gong)程(cheng)中心李晨虹团队在国际知(zhi)名期(qi)刊《分子生态资源》(Molecular Ecology and Resources)上发表了题为 “Estimation of SpeciesAbundance Based on the Number of Segregating Sites Using Environmental DNA (eDNA)” 的封面文章,为环境DNA(eDNA)定量技术的应用提供(gong)了新(xin)思路,未来或可让生态监(jian)测像(xiang)“查指纹”一样(yang)高效。
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“凡是生物存(cun)在过的地方就会留下(xia)它们的痕迹。同样(yang),鱼游过也会在水中留下(xia)DNA‘痕迹’。”李晨虹教授介绍(shao),eDNA是指生物体(ti)释(shi)放至体(ti)外环境(包括水体(ti)、土壤、空气等)中的DNA片段。其来源广泛,一方面源于生物皮肤、鳞片受损导(dao)致的细胞(bao)脱落,另(ling)一方面则来自生物在呼吸、排泄、繁殖等正常生理活动(dong)中释(shi)放的DNA。
借助(zhu)eDNA进行(xing)生物监(jian)测,是一种高效、灵敏且对生物无损伤的技术手段,在生物多样(yang)性评估、濒危物种保护以(yi)及入侵生物监(jian)测等领域展(zhan)现出了巨大的应用潜力。
以(yi)往eDNA技术一直有个“痛点”:它能判断“有没有鱼”,却很难说(shuo)清楚“有多少(shao)鱼”,诸(zhu)多因素会影响eDNA 浓(nong)度,难以(yi)获得准确可靠的定量结果。
为此,李晨虹教授带领团队另(ling)辟蹊(qi)径。“我们可以(yi)从基因序列差异的角度来探讨eDNA与(yu)物种数量之间的关系。”李晨虹进一步说(shuo)明,假设环境中仅存(cun)在一个个体(ti),无论(lun)其释(shi)放的DNA浓(nong)度高低(di),其DNA序列都是固定的。当存(cun)在两个个体(ti)时,它们的DNA序列会出现一定程(cheng)度的差异;若存(cun)在三个个体(ti),序列差异则会进一步增大。“这就好比一家人的指纹各不相同,若在某地检测到(dao)10种不同指纹,就能推测至少(shao)有10个人来过。”
团队开发的基于分离位(wei)点数的eDNA定量方法,其优势在于不受物种体(ti)型、摄食行(xing)为等环境变(bian)量的干扰,能够更加稳(wen)定、精准地评估目标物种的数量。李晨虹说(shuo),“无论(lun)鱼在吃饭、休息,都不影响差异点数量,这就可以(yi)让生态监(jian)测更高效。”
研究的发现为eDNA技术的定量分析提供(gong)了一种新(xin)的思路,有望提升eDNA在物种监(jian)测、生态评估及生物多样(yang)性研究中的应用精度。未来研究可进一步拓展(zhan)至更广泛的生境和目标物种,以(yi)验证该方法的适用性,并优化(hua)其在实际生态监(jian)测中的应用策略。
来源:上海杨浦