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参考(kao)消息网2月12日报(bao)道(dao)据美国《大(da)众科学》杂(za)志网站1月15日报(bao)道(dao)，科学家利用人工智(zhi)能(neng)（AI）创造出全新的抗蛇毒蛋白质。
报(bao)道(dao)称，据世界卫生组织估计，每年有(you)超过(guo)10万人被蛇咬伤(shang)致死，还有(you)数十万人永久致残。借助尖(jian)端技术实现的前沿科学有(you)望帮助减轻这一威(wei)胁。
根据一项1月15日发表在《自然》杂(za)志上(shang)的研究，研究人员(yuan)利用一套人工智(zhi)能(neng)工具，成功设计出两种蛋白质以中和一些(xie)最致命(ming)的蛇毒毒素。在实验室实验中，将这些(xie)“全新的”蛋白质(自然界中不存在的分子(zi))与致命(ming)的蛇毒化合物混合后注射，能(neng)避免100%的实验小鼠死亡。
该研究论文的主要作者苏珊娜·巴斯(si)克斯(si)·托雷斯(si)说(shuo)：“我认为，我们可以彻(che)底改变(蛇咬伤(shang)的)治(zhi)疗方法(fa)。”巴斯(si)克斯(si)·托雷斯(si)是(shi)一名生物化学家，她在华盛(sheng)顿大(da)学戴维·贝克实验室攻读博士学位期(qi)间完成了这项研究。贝克因创造新蛋白质而荣获2024年诺贝尔化学奖。本周发表的这项研究是(shi)该研究方向的延续。巴斯(si)克斯(si)·托雷斯(si)告诉《大(da)众科学》杂(za)志：“当然，这项研究并没有(you)完全解决问题，但它(ta)表明，与传统方法(fa)相比，我们能(neng)超快速地合成分子(zi)，而且这种方法(fa)有(you)效。”她还说(shuo)，这一策略有(you)望带来比现有(you)的更便(bian)宜、更安全且更有(you)效的治(zhi)疗方案。
斯(si)克里普斯(si)研究所的免疫学与微生物学助理教授约瑟(se)夫·贾丁说(shuo)：“这是(shi)了不起的研究成果。”贾丁未参与这项新研究，但此前曾发表针对同类(lei)化合物合成抗蛇毒血清的研究。他表示，这项新研究既展示了近年来在人工智(zhi)能(neng)迅(xun)速发展的推动下，蛋白质设计取(qu)得了多大(da)的进(jin)展，同时也是(shi)医学领域(yu)一项令人振奋的实际进(jin)步。
尽管蛇咬伤(shang)造成了严重后果，但一个多世纪以来，蛇咬伤(shang)的治(zhi)疗方法(fa)一直未变，仍然是(shi)从接种了亚致死量蛇毒的马或其他动物身上(shang)采集(ji)抗体。这些(xie)抗蛇毒血清能(neng)挽救生命(ming)，但也存在一些(xie)严重缺陷。
其一，它(ta)们价格昂贵且制作困难(nan)，因为生产过(guo)程需要饲养大(da)量动物。其二，质量参差不齐，由于依赖不完美的免疫系(xi)统，产生的效果也不稳定，而且抗蛇毒血清对某些(xie)毒素的效果往往优于对其他毒素，因此只(zhi)能(neng)部分中和蛇毒这种复杂(za)混合物中最小的成分，对某些(xie)蛇类(lei)咬伤(shang)的治(zhi)疗效果不佳。它(ta)们还可能(neng)在接受者身上(shang)引(yin)发过(guo)敏反应及其他不良副作用。而且，由于传统抗蛇毒血清是(shi)生物制品，对温度非常敏感，储存和运输都需要冷藏，导致成本更高(gao)，也更难(nan)获得。在蛇咬伤(shang)尤为常见的南半球发展中国家的农村(cun)地区，这种治(zhi)疗方法(fa)尤其难(nan)以获得。
相比之下，新设计的蛋白质能(neng)在更大(da)的温度范围内保持稳定，有(you)望利用酵母等微生物进(jin)行大(da)规模生产，引(yin)发的副作用可能(neng)更少，而且更容易(yi)进(jin)行微调并保持性能(neng)稳定。贾丁解释说(shuo)：“这些(xie)全新设计的小蛋白质具有(you)许多十分有(you)趣的优势，包括热稳定性、制造成本较低，能(neng)以抗体可能(neng)无法(fa)实现的方式靶向特定物质。”他还提出，有(you)朝一日，这类(lei)产品也许能(neng)通过(guo)类(lei)似“肾上(shang)腺素笔”的装(zhuang)置来给药，在最需要的地方随时可用。
蛇毒由多种不同毒素混合而成。巴斯(si)克斯(si)·托雷斯(si)及其同事将研究工作聚焦于三指毒素(3FTx)，传统抗蛇毒血清往往难(nan)以有(you)效对抗这类(lei)致命(ming)化合物。三指毒素在眼镜蛇科蛇类(lei)的毒液中尤为显著，该科蛇类(lei)包括眼镜蛇、曼巴蛇和珊瑚蛇。这些(xie)毒素(本身就是(shi)蛋白质)会(hui)在哺乳动物体内大(da)肆破坏。有(you)些(xie)是(shi)导致瘫痪的神经毒素，另(ling)一些(xie)则会(hui)破坏细胞、损伤(shang)组织。
科学家试图找出能(neng)对抗三种典型目标毒素的解毒蛋白质：一种短链α神经毒素、一种长链α神经毒素，以及一种细胞毒素。这三种典型毒素都已得到充分研究，所以科学家从一开始就知道(dao)它(ta)们的复杂(za)结构。基于此，他们能(neng)确定要使每种毒素失去活性所需阻断的关(guan)键结合位点。他们将这些(xie)信息输入第(di)一个名为“罗塞塔折叠扩散”的人工智(zhi)能(neng)工具中，这是(shi)一种类(lei)似于达尔-E和米德朱尼(ni)实验室等推出的图像生成器模型，但它(ta)经过(guo)专门训练，能(neng)根据设定的标准输出蛋白质结构的模拟图。在这个案例中，设定的标准就是(shi)毒素结构以及研究人员(yuan)希望阻断的选定结合“热点”。人工智(zhi)能(neng)提供了数十种中和蛋白质的建议(以蛋白质构型的详细图像形式呈现)，这些(xie)蛋白质可能(neng)填充那些(xie)结合位点，就像为神秘的锁配制钥匙。
为了更深入了解这些(xie)理论上(shang)的蛋白质并解析其构成，巴斯(si)克斯(si)·托雷斯(si)、贝克及其他论文作者采用了第(di)二种生成式人工智(zhi)能(neng)模型——ProteinMPNN。该模型经过(guo)训练，能(neng)生成可行的氨基酸组合，这些(xie)氨基酸可以折叠在一起，复制扩散模型的输出结果。蛋白质折叠过(guo)程极为复杂(za)，通常仅从氨基酸序列很难(nan)预(yu)测，反之，要知道(dao)哪种氨基酸序列会(hui)形成何种折叠形状(zhuang)也颇具挑(tiao)战。ProteinMPNN加快了这一计算过(guo)程。接下来，研究人员(yuan)使用了第(di)三种预(yu)测性人工智(zhi)能(neng)工具“阿尔法(fa)折叠2”，独(du)立预(yu)测每一种氨基酸序列实际会(hui)如何折叠，以此对前两个模型的工作进(jin)行双重验证。在每一步之间，研究人员(yuan)凭借自身专业视角，筛除不理想的结果，将候选范围缩(suo)小至最佳选项。
研究人员(yuan)将最有(you)潜力的氨基酸链反向翻译为DNA序列，然后利用经过(guo)改造的细菌大(da)量生产这些(xie)蛋白质。他们在培养皿中用人的肌肉和皮肤细胞对最有(you)希望的候选蛋白质进(jin)行了一系(xi)列实验，发现这些(xie)蛋白质对所有(you)三种重点研究的毒素均(jun)有(you)效。这进(jin)一步缩(suo)小了范围，每个类(lei)别只(zhi)剩下一个最有(you)竞争力的候选者。科学家在一系(xi)列小鼠实验中对这些(xie)候选者逐一进(jin)行了测试。
在最初的测试中，他们的抗细胞毒素候选蛋白质并未减轻与蛇毒中毒相关(guan)的皮肤损伤(shang)，因此研究人员(yuan)停止了对它(ta)的测试。但另(ling)外两种候选蛋白质被证明效果要好得多。当与目标毒素直接混合并注射到小鼠体内时，两种抗神经毒素蛋白质都避免了所有(you)小鼠死亡(如果不添加这些(xie)保护蛋白质，100%的小鼠会(hui)死亡)。
为了模拟治(zhi)疗蛇咬伤(shang)的过(guo)程，科学家接着测试了先给小鼠注射一种毒素，之后再注射候选蛋白质的情况。其中一种蛋白质拯救了接受注射的所有(you)小鼠，即使在注射毒素30分钟后给药依然有(you)效。另(ling)一种蛋白质在毒素注射15分钟后给药，能(neng)使80%的小鼠存活，30分钟后给药，存活率为60%。
巴斯(si)克斯(si)·托雷斯(si)说(shuo)：“看到这些(xie)蛋白质直接在动物身上(shang)发挥作用，太令人震惊了。我们甚(shen)至无需进(jin)行任何优化。”她说(shuo)：“第(di)一次尝试就找到有(you)效的东西，这太不可思议了。”此外，得益于人工智(zhi)能(neng)的计算助力，这项研究从提出想法(fa)到提交(jiao)发表数据，仅仅用了大(da)约一年。“我觉得这对任何科学论文而言，都是(shi)创纪录的速度。”她说(shuo)，这充分展示了机器学习(xi)能(neng)在多大(da)程度上(shang)加速研究进(jin)程。
这些(xie)研究成果只(zhi)是(shi)近期(qi)抗蛇毒血清研究一系(xi)列新进(jin)展(比如贾丁的合成抗体，以及重新利用的药物)中的最新成果。2017年，世界卫生组织将蛇咬伤(shang)列为“被忽视热带疾病”并将其作为重点，呼吁(yu)加大(da)投资并提升公共卫生关(guan)注度。此后，相关(guan)研究源源不断。贾丁说(shuo)：“这为我们解决问题又增加了一种工具。(这些(xie)蛋白质)将具有(you)抗体不具备的独(du)特应用，反之亦然。”
然而，在全新设计的蛋白质获批用于人体之前，还有(you)很长的路要走。虽然小鼠实验没有(you)显示出任何明显的副作用，但这些(xie)蛋白质在人体内的作用方式以及它(ta)们是(shi)否真的安全，仍不得而知。巴斯(si)克斯(si)·托雷斯(si)和贾丁都指出，它(ta)们是(shi)全新的分子(zi)，需要针对脱靶反应和不良反应进(jin)行广泛的筛选与测试。巴斯(si)克斯(si)·托雷斯(si)说(shuo)：“我们需要证明这些(xie)分子(zi)是(shi)安全的。我们必须真正了解它(ta)们的作用机制。”任何一种经设计的蛋白质抗蛇毒血清要进(jin)入市场，都还需要很多很多年。
即使真的进(jin)入市场，巴斯(si)克斯(si)·托雷斯(si)及其同事发现的这些(xie)蛋白质也还不够(gou)。它(ta)们只(zhi)能(neng)应对特定蛇毒中的两种特定毒素。巴斯(si)克斯(si)·托雷斯(si)说(shuo)，可能(neng)需要将大(da)约十种精心设计的蛋白质混合在一起，才(cai)能(neng)中和全部蛇毒。在寻找广谱或通用抗蛇毒血清的道(dao)路上(shang)，科学家仍在探索(suo)。
尽管如此，利用微生物按需大(da)量生产自然界中原本不存在的全新蛋白质，这一前景让科学家兴奋不已。而且这种兴奋并不局限于抗蛇毒血清领域(yu)。有(you)朝一日，全新设计的蛋白质或许能(neng)为各类(lei)疾病带来替代性疗法(fa)。这些(xie)氨基酸构成的物质介于生物药(从生物体中制造或提取(qu))与阿司匹林这类(lei)小分子(zi)化学合成药之间。贾丁说(shuo)：“你可以想象，这能(neng)解决大(da)量用传统方法(fa)无法(fa)解决的问题。这是(shi)一种全新的策略，而我们才(cai)刚刚触及皮毛。”（编译/刘白云）
2016年5月17日，在泰(tai)国曼谷梭瓦帕王后纪念研究所内设的蛇类(lei)博物馆(guan)，一名工作人员(yuan)为参观者演示取(qu)蛇毒。（新华社）