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想知道一片水域里有多少(shao)鱼,不用撒网捕捞,只(zhi)需取一瓢(piao)水就能算出……上海(hai)海(hai)洋大学环(huan)境DNA技术与水生态健康评估工程中心李晨虹团(tuan)队在国际知名期刊《分(fen)子生态资(zi)源》(Molecular Ecology and Resources)上发(fa)表了题为 “Estimation of SpeciesAbundance Based on the Number of Segregating Sites Using Environmental DNA (eDNA)” 的封面文章,为环(huan)境DNA(eDNA)定量(liang)技术的应用提供(gong)了新思路(lu),未来(lai)或可(ke)让生态监测(ce)像“查指纹”一样高效。
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“凡(fan)是生物存在过的地(di)方(fang)就会留下它们的痕迹。同样,鱼游过也会在水中留下DNA‘痕迹’。”李晨虹教授介绍,eDNA是指生物体释放至体外环(huan)境(包括(kuo)水体、土壤、空气等)中的DNA片段。其来(lai)源广(guang)泛,一方(fang)面源于(yu)生物皮肤、鳞片受损导致的细胞脱落,另一方(fang)面则来(lai)自生物在呼吸、排泄、繁殖(zhi)等正常生理活动中释放的DNA。
借助eDNA进行生物监测(ce),是一种高效、灵(ling)敏(min)且对生物无损伤的技术手段,在生物多样性评估、濒危(wei)物种保护以及入(ru)侵生物监测(ce)等领域展现出了巨大的应用潜力。
以往eDNA技术一直有个“痛(tong)点”:它能判断“有没有鱼”,却很难说清楚“有多少(shao)鱼”,诸多因(yin)素会影响eDNA 浓(nong)度,难以获得准确可(ke)靠的定量(liang)结果。
为此,李晨虹教授带领团(tuan)队另辟蹊径。“我们可(ke)以从基因(yin)序列(lie)差(cha)异(yi)的角度来(lai)探讨(tao)eDNA与物种数量(liang)之(zhi)间(jian)的关系。”李晨虹进一步(bu)说明,假设环(huan)境中仅(jin)存在一个个体,无论其释放的DNA浓(nong)度高低,其DNA序列(lie)都是固定的。当存在两个个体时,它们的DNA序列(lie)会出现一定程度的差(cha)异(yi);若(ruo)存在三个个体,序列(lie)差(cha)异(yi)则会进一步(bu)增大。“这(zhe)就好比一家人的指纹各不相同,若(ruo)在某地(di)检(jian)测(ce)到10种不同指纹,就能推测(ce)至少(shao)有10个人来(lai)过。”
团(tuan)队开发(fa)的基于(yu)分(fen)离位点数的eDNA定量(liang)方(fang)法,其优势在于(yu)不受物种体型、摄食行为等环(huan)境变(bian)量(liang)的干扰,能够更加稳定、精(jing)准地(di)评估目标物种的数量(liang)。李晨虹说,“无论鱼在吃饭、休息,都不影响差(cha)异(yi)点数量(liang),这(zhe)就可(ke)以让生态监测(ce)更高效。”
研究的发(fa)现为eDNA技术的定量(liang)分(fen)析提供(gong)了一种新的思路(lu),有望(wang)提升eDNA在物种监测(ce)、生态评估及生物多样性研究中的应用精(jing)度。未来(lai)研究可(ke)进一步(bu)拓展至更广(guang)泛的生境和目标物种,以验证(zheng)该方(fang)法的适用性,并优化(hua)其在实际生态监测(ce)中的应用策略。
来(lai)源:上海(hai)杨浦