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参考消息网2月12日报道据美国《大众科学》杂志网站1月15日报道，科学家利用人工智能（AI）创造出全新的抗蛇毒蛋白质。
报道称，据世界(jie)卫生组织估(gu)计，每年有超过10万人被蛇咬伤致死，还有数十万人永久(jiu)致残。借助尖端技术实现的前沿(yan)科学有望帮助减(jian)轻(qing)这(zhe)一威胁。
根据一项1月15日发表在《自然(ran)》杂志上的研究，研究人员利用一套人工智能工具，成(cheng)功设计出两种(zhong)蛋白质以中和一些最致命的蛇毒毒素。在实验室实验中，将这(zhe)些“全新的”蛋白质(自然(ran)界(jie)中不存在的分子)与致命的蛇毒化合物混合后注射(she)，能避免100%的实验小鼠死亡。
该研究论(lun)文的主要作者苏珊娜·巴(ba)斯克斯·托雷(lei)斯说：“我认为，我们可以彻底改(gai)变(蛇咬伤的)治疗(liao)方法。”巴(ba)斯克斯·托雷(lei)斯是一名生物化学家，她在华盛顿大学戴(dai)维·贝克实验室攻读博(bo)士学位期间完成(cheng)了(le)这(zhe)项研究。贝克因创造新蛋白质而荣获(huo)2024年诺(nuo)贝尔化学奖。本周发表的这(zhe)项研究是该研究方向的延续。巴(ba)斯克斯·托雷(lei)斯告诉《大众科学》杂志：“当(dang)然(ran)，这(zhe)项研究并没有完全解决问题，但(dan)它表明，与传统方法相比，我们能超快速地合成(cheng)分子，而且(qie)这(zhe)种(zhong)方法有效。”她还说，这(zhe)一策略有望带来比现有的更便宜、更安全且(qie)更有效的治疗(liao)方案(an)。
斯克里普斯研究所(suo)的免疫学与微(wei)生物学助理教授约瑟夫·贾丁说：“这(zhe)是了(le)不起的研究成(cheng)果。”贾丁未参与这(zhe)项新研究，但(dan)此前曾发表针对同类化合物合成(cheng)抗蛇毒血清的研究。他表示，这(zhe)项新研究既展示了(le)近年来在人工智能迅速发展的推动下，蛋白质设计取(qu)得了(le)多大的进展，同时也(ye)是医学领域一项令人振(zhen)奋的实际进步(bu)。
尽管蛇咬伤造成(cheng)了(le)严重后果，但(dan)一个多世纪以来，蛇咬伤的治疗(liao)方法一直(zhi)未变，仍然(ran)是从接种(zhong)了(le)亚致死量蛇毒的马或其他动物身上采集抗体。这(zhe)些抗蛇毒血清能挽救生命，但(dan)也(ye)存在一些严重缺陷。
其一，它们价格昂贵且(qie)制作困(kun)难，因为生产过程(cheng)需(xu)要饲养大量动物。其二，质量参差不齐，由于依赖不完美的免疫系统，产生的效果也(ye)不稳定(ding)，而且(qie)抗蛇毒血清对某些毒素的效果往往优(you)于对其他毒素，因此只能部分中和蛇毒这(zhe)种(zhong)复杂混合物中最小的成(cheng)分，对某些蛇类咬伤的治疗(liao)效果不佳。它们还可能在接受者身上引发过敏反应(ying)及其他不良副作用。而且(qie)，由于传统抗蛇毒血清是生物制品，对温度非常敏感，储存和运输都需(xu)要冷藏，导(dao)致成(cheng)本更高，也(ye)更难获(huo)得。在蛇咬伤尤为常见的南半球发展中国家的农村地区，这(zhe)种(zhong)治疗(liao)方法尤其难以获(huo)得。
相比之下，新设计的蛋白质能在更大的温度范围(wei)内保(bao)持稳定(ding)，有望利用酵母等微(wei)生物进行大规模生产，引发的副作用可能更少，而且(qie)更容(rong)易进行微(wei)调并保(bao)持性能稳定(ding)。贾丁解释说：“这(zhe)些全新设计的小蛋白质具有许(xu)多十分有趣的优(you)势，包括热(re)稳定(ding)性、制造成(cheng)本较低，能以抗体可能无法实现的方式靶向特定(ding)物质。”他还提出，有朝一日，这(zhe)类产品也(ye)许(xu)能通过类似(si)“肾上腺素笔”的装置来给药，在最需(xu)要的地方随时可用。
蛇毒由多种(zhong)不同毒素混合而成(cheng)。巴(ba)斯克斯·托雷(lei)斯及其同事将研究工作聚(ju)焦(jiao)于三指毒素(3FTx)，传统抗蛇毒血清往往难以有效对抗这(zhe)类致命化合物。三指毒素在眼镜蛇科蛇类的毒液中尤为显著，该科蛇类包括眼镜蛇、曼巴(ba)蛇和珊瑚蛇。这(zhe)些毒素(本身就(jiu)是蛋白质)会在哺乳动物体内大肆破坏。有些是导(dao)致瘫(tan)痪(huan)的神(shen)经毒素，另一些则会破坏细胞、损(sun)伤组织。
科学家试(shi)图(tu)找出能对抗三种(zhong)典型目标毒素的解毒蛋白质：一种(zhong)短链α神(shen)经毒素、一种(zhong)长链α神(shen)经毒素，以及一种(zhong)细胞毒素。这(zhe)三种(zhong)典型毒素都已(yi)得到充分研究，所(suo)以科学家从一开始(shi)就(jiu)知道它们的复杂结构。基于此，他们能确定(ding)要使每种(zhong)毒素失去活性所(suo)需(xu)阻断的关键(jian)结合位点。他们将这(zhe)些信(xin)息输入(ru)第(di)一个名为“罗塞塔(ta)折(she)叠扩散”的人工智能工具中，这(zhe)是一种(zhong)类似(si)于达尔-E和米德朱尼实验室等推出的图(tu)像(xiang)生成(cheng)器模型，但(dan)它经过专门训练，能根据设定(ding)的标准输出蛋白质结构的模拟图(tu)。在这(zhe)个案(an)例中，设定(ding)的标准就(jiu)是毒素结构以及研究人员希望阻断的选定(ding)结合“热(re)点”。人工智能提供了(le)数十种(zhong)中和蛋白质的建议(以蛋白质构型的详细图(tu)像(xiang)形式呈现)，这(zhe)些蛋白质可能填充那些结合位点，就(jiu)像(xiang)为神(shen)秘的锁配制钥(yao)匙(chi)。
为了(le)更深入(ru)了(le)解这(zhe)些理论(lun)上的蛋白质并解析其构成(cheng)，巴(ba)斯克斯·托雷(lei)斯、贝克及其他论(lun)文作者采用了(le)第(di)二种(zhong)生成(cheng)式人工智能模型——ProteinMPNN。该模型经过训练，能生成(cheng)可行的氨基酸组合，这(zhe)些氨基酸可以折(she)叠在一起，复制扩散模型的输出结果。蛋白质折(she)叠过程(cheng)极为复杂，通常仅(jin)从氨基酸序列(lie)很(hen)难预测(ce)，反之，要知道哪种(zhong)氨基酸序列(lie)会形成(cheng)何种(zhong)折(she)叠形状也(ye)颇具挑战。ProteinMPNN加快了(le)这(zhe)一计算过程(cheng)。接下来，研究人员使用了(le)第(di)三种(zhong)预测(ce)性人工智能工具“阿尔法折(she)叠2”，独立预测(ce)每一种(zhong)氨基酸序列(lie)实际会如何折(she)叠，以此对前两个模型的工作进行双重验证。在每一步(bu)之间，研究人员凭借自身专业视角，筛除不理想的结果，将候选范围(wei)缩(suo)小至最佳选项。
研究人员将最有潜(qian)力的氨基酸链反向翻译为DNA序列(lie)，然(ran)后利用经过改(gai)造的细菌大量生产这(zhe)些蛋白质。他们在培养皿中用人的肌肉和皮肤细胞对最有希望的候选蛋白质进行了(le)一系列(lie)实验，发现这(zhe)些蛋白质对所(suo)有三种(zhong)重点研究的毒素均有效。这(zhe)进一步(bu)缩(suo)小了(le)范围(wei)，每个类别只剩下一个最有竞争力的候选者。科学家在一系列(lie)小鼠实验中对这(zhe)些候选者逐(zhu)一进行了(le)测(ce)试(shi)。
在最初的测(ce)试(shi)中，他们的抗细胞毒素候选蛋白质并未减(jian)轻(qing)与蛇毒中毒相关的皮肤损(sun)伤，因此研究人员停止了(le)对它的测(ce)试(shi)。但(dan)另外两种(zhong)候选蛋白质被证明效果要好(hao)得多。当(dang)与目标毒素直(zhi)接混合并注射(she)到小鼠体内时，两种(zhong)抗神(shen)经毒素蛋白质都避免了(le)所(suo)有小鼠死亡(如果不添(tian)加这(zhe)些保(bao)护蛋白质，100%的小鼠会死亡)。
为了(le)模拟治疗(liao)蛇咬伤的过程(cheng)，科学家接着(zhe)测(ce)试(shi)了(le)先给小鼠注射(she)一种(zhong)毒素，之后再注射(she)候选蛋白质的情况。其中一种(zhong)蛋白质拯救了(le)接受注射(she)的所(suo)有小鼠，即使在注射(she)毒素30分钟后给药依然(ran)有效。另一种(zhong)蛋白质在毒素注射(she)15分钟后给药，能使80%的小鼠存活，30分钟后给药，存活率为60%。
巴(ba)斯克斯·托雷(lei)斯说：“看到这(zhe)些蛋白质直(zhi)接在动物身上发挥作用，太令人震惊了(le)。我们甚至无需(xu)进行任何优(you)化。”她说：“第(di)一次尝(chang)试(shi)就(jiu)找到有效的东(dong)西，这(zhe)太不可思议了(le)。”此外，得益于人工智能的计算助力，这(zhe)项研究从提出想法到提交发表数据，仅(jin)仅(jin)用了(le)大约一年。“我觉得这(zhe)对任何科学论(lun)文而言，都是创纪录的速度。”她说，这(zhe)充分展示了(le)机(ji)器学习(xi)能在多大程(cheng)度上加速研究进程(cheng)。
这(zhe)些研究成(cheng)果只是近期抗蛇毒血清研究一系列(lie)新进展(比如贾丁的合成(cheng)抗体，以及重新利用的药物)中的最新成(cheng)果。2017年，世界(jie)卫生组织将蛇咬伤列(lie)为“被忽视热(re)带疾病”并将其作为重点，呼吁(yu)加大投(tou)资并提升公共卫生关注度。此后，相关研究源(yuan)源(yuan)不断。贾丁说：“这(zhe)为我们解决问题又增加了(le)一种(zhong)工具。(这(zhe)些蛋白质)将具有抗体不具备的独特应(ying)用，反之亦(yi)然(ran)。”
然(ran)而，在全新设计的蛋白质获(huo)批用于人体之前，还有很(hen)长的路要走。虽然(ran)小鼠实验没有显示出任何明显的副作用，但(dan)这(zhe)些蛋白质在人体内的作用方式以及它们是否真的安全，仍不得而知。巴(ba)斯克斯·托雷(lei)斯和贾丁都指出，它们是全新的分子，需(xu)要针对脱靶反应(ying)和不良反应(ying)进行广泛的筛选与测(ce)试(shi)。巴(ba)斯克斯·托雷(lei)斯说：“我们需(xu)要证明这(zhe)些分子是安全的。我们必须真正了(le)解它们的作用机(ji)制。”任何一种(zhong)经设计的蛋白质抗蛇毒血清要进入(ru)市场，都还需(xu)要很(hen)多很(hen)多年。
即使真的进入(ru)市场，巴(ba)斯克斯·托雷(lei)斯及其同事发现的这(zhe)些蛋白质也(ye)还不够。它们只能应(ying)对特定(ding)蛇毒中的两种(zhong)特定(ding)毒素。巴(ba)斯克斯·托雷(lei)斯说，可能需(xu)要将大约十种(zhong)精心设计的蛋白质混合在一起，才能中和全部蛇毒。在寻找广谱或通用抗蛇毒血清的道路上，科学家仍在探(tan)索。
尽管如此，利用微(wei)生物按(an)需(xu)大量生产自然(ran)界(jie)中原本不存在的全新蛋白质，这(zhe)一前景让(rang)科学家兴(xing)奋不已(yi)。而且(qie)这(zhe)种(zhong)兴(xing)奋并不局(ju)限于抗蛇毒血清领域。有朝一日，全新设计的蛋白质或许(xu)能为各类疾病带来替(ti)代性疗(liao)法。这(zhe)些氨基酸构成(cheng)的物质介于生物药(从生物体中制造或提取(qu))与阿司匹(pi)林这(zhe)类小分子化学合成(cheng)药之间。贾丁说：“你可以想象，这(zhe)能解决大量用传统方法无法解决的问题。这(zhe)是一种(zhong)全新的策略，而我们才刚刚触及皮毛。”（编(bian)译/刘(liu)白云）
2016年5月17日，在泰国曼谷梭瓦帕王后纪念研究所(suo)内设的蛇类博(bo)物馆，一名工作人员为参观(guan)者演示取(qu)蛇毒。（新华社）